تاریخ انیمه از اوایل قرن بیستم آغاز میشود. زمانیکه توجه فیلمسازان ژاپنی به تولید انیمیشن که در کشورهایی مثل آلمان، فرانسه، روسیه و آمریکا رواج پیدا کرده بود جلب شد. قدیمیترین انیمیشن ژاپنی، کاتسودو شاشین (Katsudō Shashin، بهمعنی تصویر متحرک)، یک فیلماستریپ انیمیشنسازی شدهی سه ثانیهای است که در سال ۱۹۰۷ در ژاپن ساخته شده و شامل پنجاه فریم سلولویدی با سرعت ۱۶ فریم بر ثانیه است. طرحی ساده از پسرکی با لباس ملوانی که واژهی کانجی کاتسودو شاشین را بر روی دیواری سفید مینویسد، سپس رو به دوربین چرخیده، کلاه قرمزش را با دست راست برمیدارد و تعظیم احترامآمیزی میکند.
اما ریشههای انیمه اولین بار با یک اثر صامت چهار دقیقهای به اسم Namakura Gatana توسط جونیچی کوچی (Junichi Kôuchi) در سال ۱۹۱۷ شکل گرفت که داستان آن درباره يك سامورایی بود كه با شمشیر جدید خود وضع پیروزمندانهای ندارد. بسیاری از این کارهای اولیه در جریان حوادثی مثل زلزلهی بزرگ کانتو در سال ۱۹۲۳ از بین رفت. اولین انیمهای که در آن صداگذاری انجام شد The World of Power and Women محصول ۱۹۳۳ بود که هیچ نسخهای از آن بهجا نمانده است. در اواسط دهه ۱۹۳۰ صنعت انیمیشن در ژاپن تاحدودی جای خود را تثبت کرده بود اما هنوز در رقابت با تولیدکنندگان خارجی مثل دیزنی کم میآورد. اولین انیمهی بلند Momotaro: Sacred Sailors (موموتارو: ملوانان مقدس) نام داشت (با زمان ۷۴ دقیقه) که توسط میتسویو سئو در سال ۱۹۴۵ با هدف پروپاگاندای رسانهای برای ارتش نیروی دریایی ژاپن در جریان جنگ جهانی دوم ساخته شد.
اولین انیمهی تلویزیونی Three Tales نام داشت که با زمان ۳۰ دقیقه و قالب سیاه و سفید در سال ۱۹۶۰ از شبکه NHK پخش شد. اولین انیمهی سریالی تلویزیون ژاپن هم Otogi Manga Calendar بود که بین سالهای ۱۹۶۲ تا ۱۹۶۴ پخش شد و به رویدادهای تاریخی مربوط به هر روز از سال میپرداخت.
با افزایش محبوبیت مانگا در دهه ۱۹۷۰ ساخت انیمه هم وارد مسیر پررونقتری شد. آثار تزوکا و سایر پیشگامان این عرصه بسیاری از ویژگیهای طراحی و ژانری انیمههای امروزی را شکل داد. قبل از جا افتادن و فرگیری واژهی «انیمه» از اصطلاح ژاپنیمیشن (Japanimation) استفاده می شد تا اینکه در اواسط دهه ۱۹۸۰ واژه انیمه کمکم جایگزین آن شد.
